Le choix de la scolarisation à domicile représente un véritable défi et donc, quelques inconvénients à prendre en compte avant de se lancer. La scolarisation à domicile nécessite beaucoup de temps, une bonne organisation et elle a aussi un coût. Tout le matériel, les livres, les manuels, et les sorties sont à la charge des familles, et l’un des deux parents est souvent amené à mettre entre parenthèses son emploi. Au total, l’école à domicile coûte généralement plus cher qu’une scolarisation dans le public. De plus, l’enfant ne côtoie pas de camarades au quotidien, car l’école à domicile ne permet pas à l’enfant d’entrer en interaction avec d’autres enfants comme il le ferait dans un cadre scolaire classique.